保稅物流中心主要以整合“兩倉”功能為基礎，打破保稅倉庫和出口監管倉庫分別專門存放進境、出口貨物且相互隔離的狀態，糅合、集成、拓展“兩倉”功能，并根據現代物流的發展需要賦予若干新功能。其主要功能和優惠政策是：

1、保稅物流中心的功能主要包括保稅倉儲、簡單加工和增值服務、國際物流配送、進出口貿易、國際中轉和轉口貿易、物流信息處理等；

2、海關賦予保稅物流中心口岸功能。企業可直接在保稅物流中心所在地主管海關報關，保稅物流中心貨物能直接輻射國內、國際兩個市場；

3、境內貨物進入保稅物流中心視同出口，享受出口退稅政策，并在進入中心環節退稅；

4、境外貨物進入保稅物流中心，海關給予保稅；

5、保稅物流中心貨物銷售境內時，企業可以按出保稅物流中心的實際貿易方式向海關辦理進口報關手續；

6、保稅物流中心內的貨物可在保稅物流中心企業之間，保稅物流中心與保稅區、出口加工區、保稅倉庫、出口監管倉庫和其他保稅物流中心等海關監管區域、場所之間進行自由轉移和跨關區報關提取等。

通過賦予上述功能和政策，把保稅區區港聯動的各種優勢，從港口移到內陸保稅物流中心，使內陸地區同樣具有保稅區區港聯動的區位優勢、功能優勢和政策優勢，以滿足內陸地區發展國際物流的需求。