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進口報關工作的全部程序分為申報、查驗、放行三個階段。
1.進口貨物的申報 進口貨物的收、發貨人或者他們的代理人，在貨物進口時，應在海關規定的期限內，按海關規定的格式填寫進口貨物報關單，隨附有關的貨運、商業單據，同時提供批準貨物進口的證件，向海關申報。報關的主要單證有以下幾種：
1）進口貨物報關單
2）隨報關單交驗的貨運、商業單據
3）進口貨物許可證
4）檢驗檢疫證
5）進口貨物批準單證
2.進口貨物的查驗
進口貨物，除海關總署特準查驗的以外，都應接受海關查驗。查驗的目的是核對報關單證所報內容與實際到貨是否相符，有無錯報、漏報、瞞報、偽報等情況，審查貨物的進口是否合法。 海關查驗貨物，應在海關規定的時間和場所進行。如有特殊理由，事先報經海關同意，海關可以派人員在規定的時間和場所以外查詢。申請人應提供往返交通工具和住宿并支付費用。
海關查驗貨物時，要求貨物的收、發貨人或其代理人必須到場，并按海關的要求負責辦理貨物的搬移、拆裝箱和查驗貨物的包裝等工作。海關認為必要時，可以徑行開驗、復驗或者提取貨樣、貨物保管人應當到場作為見證人。 查驗貨物時，由于海關關員責任造成被查貨物損壞的，海關應按規定賠償當事人的直接經濟損失。賠償辦法：由海關關員如實填寫《中華人民共和國海關查驗貨物，物品損壞報告書》一式兩份，查驗關員和當事人雙方簽字，各留一份。雙方共同商定貨物的受損程度或修理費用（必要時，可憑公證機構出具的鑒定證明確定），以海關審定的完稅價格為基數，確定賠償金額。賠償金額確定后，由海關填發《中華人民共和國海關損壞貨物、物品賠償通知》，當事人自收到《通知單》之日起，三個月內憑單向海關領取賠款或將銀行帳號通知海關劃撥，逾期海關不再賠償。賠款一律用人民幣支付。
3.進口貨物放行
海關對進口貨物的報關，經過審核報關單據、查驗實際貨物，并依法辦理了征收貨物稅費手續或減免稅手續后，在有關單據上簽蓋放行章，貨物的所有人或其代理人才能提取或裝運貨物。此時，海關對進口貨物的監管才算結束。 另外，進口貨物因各種原因需海關特殊處理的，可向海關申請擔保放行。海關對擔保的范圍和方式均有明確的規定。
