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木瓜蛋白酶是木瓜中提取的蛋白酶，這種酶在各個行業中都有廣泛的使用，特別是在食品行業，因為木瓜蛋白酶的活性中心含半胱氨酸，屬于巰基蛋白酶，它具有酶活高、熱穩定性好、天然衛生安全等特點。木瓜蛋白酶在食品行業中經常應用于以下幾個方面：

1、啤酒澄清劑。引起啤酒冷藏混濁時主要原因是啤酒中的蛋白質極易與多元酚結合成大分子的復合物。利用啤酒澄清劑中的木瓜蛋白酶對形成混濁的蛋白質有廣泛的特異性，能把大分子的蛋白質降解成小分子的物質，提高了蛋白質與多元酚復合物的溶解度；另一方面，木瓜蛋白酶是一種具有生物活性的蛋白質，該蛋白質可與引起啤酒冷藏混濁的多元酚形成穩定狀態平衡，防止了啤酒的冷藏混濁。

2、肉類嫩化劑。利用木瓜蛋白酶能裂解肉類中的膠原蛋白和肌肉纖維，而使肉的結構松散。3、餅干松化劑。利用木瓜蛋白酶的酶促反應, 將面團的蛋白質降解為小分子的膚或氨基酶, 降低了面團的拉伸阻力, 使面團變得柔軟、更有可塑性, 減少彈性, 易于成型。

木瓜蛋白酶因為是純天然提取的蛋白酶，所以在食品中使用，不會對人體造成危害，所以在使用的時候比較安全放心，但是作為食品添加劑的一種在使用的時候，依然要嚴格控制使用的量。

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