陰離子聚丙烯酰胺也可用于鍋爐廢水的清理。目前鍋爐清除爐管內結垢方法很多，但主要使用化學清洗法除垢，陰離子聚丙烯酰胺化學清洗的原理是利用酸將金屬壁上的沉積物以化學或電化學的機理，把他們從不溶性的鹽類溶解在清洗介質中，然后隨清洗液的排放而除去。陰離子聚丙烯酰胺清洗方法從單一的鹽酸發展到逐漸采用氫氟酸和檸檬酸，但鹽酸還是主要清洗介質。